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集安國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)，素有“塞外小江南、國(guó)家生態(tài)園”之美譽(yù)，位于集安市西北部，距市區(qū)19公里處，總面積13821.6公頃。保護(hù)區(qū)重點(diǎn)保護(hù)對(duì)象為典型的自然地理區(qū)域及獨(dú)特的森林生態(tài)系統(tǒng)、珍稀瀕危野生植物、珍稀瀕危野生動(dòng)物及其棲息，其中包括國(guó)家一級(jí)重點(diǎn)保護(hù)植物東北紅豆杉。白山原麝國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)

保護(hù)區(qū)位于吉林省白山市東南部，南隔鴨綠江與朝鮮相望。主要保護(hù)對(duì)象為國(guó)家一級(jí)保護(hù)野生動(dòng)物原麝及其棲息地。區(qū)內(nèi)的植被類(lèi)型多樣，地形地貌復(fù)雜，晝夜溫差較大，懸崖峭壁較多，因此成為原麝良好的棲息地，吉林省原麝分布密度較大的區(qū)域之一。

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位于吉林省東南部，地處長(zhǎng)白山地向松嫩平原的過(guò)渡地帶，屬于自然生態(tài)系統(tǒng)類(lèi)別、森林生態(tài)類(lèi)型，“內(nèi)陸濕地和水域生態(tài)系統(tǒng)”類(lèi)型的自然保護(hù)區(qū)。主要保護(hù)對(duì)象為松花江上游森林生態(tài)系統(tǒng)、水域生態(tài)系統(tǒng)，及其生物多樣性。

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位于延邊朝鮮族自治州汪清縣，還位于琿春市境內(nèi)，總面積67434平方米，屬森林生態(tài)系統(tǒng)類(lèi)型自然保護(hù)區(qū)。主要保護(hù)對(duì)象是東北紅豆杉等野生植物和東北虎、東北豹等珍稀瀕危野生動(dòng)物及其棲息地。此外，保護(hù)區(qū)內(nèi)天然分布的東北紅豆杉種群數(shù)量龐大，約有55萬(wàn)株，是東北紅豆杉自然分布的中心部位，我國(guó)境內(nèi)極為罕見(jiàn)的東北紅豆杉集中分布區(qū)之一。

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延邊朝鮮族自治州敦化市境內(nèi)，雁鳴湖保護(hù)區(qū)地處長(zhǎng)白山脈張廣才嶺南麓，總面積53940公頃，屬于“內(nèi)陸濕地和水域生態(tài)系統(tǒng)”類(lèi)型的自然保護(hù)區(qū)。主要保護(hù)對(duì)象為牡丹江上游濕地及黑鸛、東方白鸛、丹頂鶴、中華秋沙鴨等瀕危水禽及東北虎遷移的重要生態(tài)廊道。

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延邊朝鮮族自治州，琿春東北虎保護(hù)區(qū)，總面積108700公頃，屬于野生動(dòng)物類(lèi)型的自然保護(hù)區(qū)，主要保護(hù)對(duì)象為國(guó)際瀕危物種、國(guó)家Ⅰ級(jí)重點(diǎn)保護(hù)野生動(dòng)物東北虎、豹及棲息地。保護(hù)區(qū)堪稱(chēng)圖們江流域世界級(jí)的“生態(tài)寶庫(kù)”，其中中國(guó)野生東北虎，在此區(qū)域分布數(shù)量與密度最高。

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延邊朝鮮族自治州龍井市天佛指山保護(hù)區(qū)，是中國(guó)第一個(gè)珍貴食用菌類(lèi)的自然保護(hù)區(qū)，中國(guó)唯一一個(gè)旨在保護(hù)松茸及其生態(tài)系統(tǒng)的國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)。

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安圖、撫松、長(zhǎng)白三縣交界處，長(zhǎng)白山保護(hù)區(qū)，總面積196465h。主要保護(hù)對(duì)象為溫帶森林生態(tài)系、自然歷史遺跡和珍稀動(dòng)植物，如紫貂、東北虎、紅松、水曲柳等。

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長(zhǎng)白朝鮮族自治縣，鴨綠江上游保護(hù)區(qū)，位于吉林省東南部中朝邊界鴨綠江水系上游，2003年晉級(jí)為國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)，主要保護(hù)對(duì)象是冷水魚(yú)類(lèi)。它是全國(guó)主要冷水性魚(yú)類(lèi)的天然物種種質(zhì)資源庫(kù)，共有魚(yú)類(lèi)4目6科14種，其中冷水魚(yú)類(lèi)有5種，分別為細(xì)鱗魚(yú)、石川氏哲羅魚(yú)、花羔紅點(diǎn)鮭、鴨綠江茴魚(yú)和東北七鰓鰻。

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吉林省通榆縣，向海保護(hù)區(qū)，面積105467公頃，1981年建立，1986年晉升為國(guó)家級(jí)，1992年被列入“世界重要濕地名錄”。主要保護(hù)對(duì)象為丹頂鶴、白鸛等珍禽及其棲息生態(tài)環(huán)境，屬內(nèi)陸濕地和水域生態(tài)系統(tǒng)類(lèi)型自然保護(hù)區(qū)。

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白城市鎮(zhèn)賚縣，莫莫格保護(hù)區(qū)位于洶涌嫩江與溫柔洮兒河交匯處，是仙鶴迷戀的鳥(niǎo)類(lèi)天堂。主要保護(hù)對(duì)象丹頂鶴等珍禽及濕地生態(tài)系統(tǒng)。區(qū)內(nèi)河流縱橫、湖泡洼地星羅棋布，主要有河灘苔草濕地、湖灘洼地蘆葦濕地以及堿蓬鹽沼等。

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通化市輝南縣龍灣保護(hù)區(qū)，位于吉林省長(zhǎng)白山北麓龍崗山脈中段，1991年成立，2003年晉升為國(guó)家，屬于自然生態(tài)系統(tǒng)類(lèi)型的保護(hù)區(qū)。主要保護(hù)對(duì)象是以火山地貌為基礎(chǔ)形成的濕地生態(tài)系統(tǒng)、多種多樣的生物物種和生態(tài)環(huán)境。

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吉林省中南部，伊通火山群保護(hù)區(qū)，位于吉林省中南部的長(zhǎng)春市、四平市、公主嶺市和伊通滿(mǎn)族自治縣、三市一縣九個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)境內(nèi)，1983年成立，1992年升級(jí)為國(guó)家級(jí)。主要保護(hù)對(duì)象為基性玄武巖“侵出式”這一獨(dú)特的火山成因機(jī)制、奇特的火山景觀。

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保護(hù)區(qū)位于通化縣石湖鎮(zhèn)，2005年設(shè)立國(guó)家森林公園，園內(nèi)有原始森林101公頃、冰川峽谷5公里、海拔1589米的老禿頂、可開(kāi)發(fā)漂流的河谷、懸泉瀑布以及野生動(dòng)物150種、植物1100多種。近年來(lái)，以石湖國(guó)家森林公園為核心資源點(diǎn)，把老嶺隧道戰(zhàn)斗遺址、王鳳閣密營(yíng)地、峽谷沉木等資源結(jié)合起來(lái)，打造十四道溝有氧徒步線(xiàn)路和東老禿頂觀景線(xiàn)路。

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四平市鐵東區(qū)東南山門(mén)鎮(zhèn)，保護(hù)區(qū)總面積為123.2公頃，2000年成立，2013年晉升為國(guó)家級(jí)，屬于地質(zhì)遺跡類(lèi)型自然保護(hù)區(qū)，主要保護(hù)對(duì)象為中生代白堊紀(jì)流紋巖特殊的火山地質(zhì)構(gòu)造及典型火山地貌景觀。此外，保護(hù)區(qū)已知野生植物164種，分屬于43科；野生動(dòng)物已知有105種，分屬于15目32科。

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通化市柳河縣東南，哈泥國(guó)家級(jí)保護(hù)區(qū)是2002年在“通化哈泥市級(jí)自然保護(hù)區(qū)”的基礎(chǔ)上，經(jīng)省政府批準(zhǔn)晉升并更名的，主要保護(hù)對(duì)象為哈泥沼澤為主的濕地生態(tài)系統(tǒng)和哈泥河上游水源涵養(yǎng)區(qū)。區(qū)內(nèi)的哈泥泥炭沼澤是中國(guó)東北地區(qū)泥炭層最厚、儲(chǔ)量最大的泥炭礦床。

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吉林省西北部，吉林查干湖國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)位于吉林省西北部，霍林河末端與嫩江的交匯處，總面積506.84平方公里，2007年成為國(guó)家級(jí)，是中國(guó)水利部門(mén)第一個(gè)也是唯一一個(gè)國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)。主要保護(hù)半干旱地區(qū)湖泊水生生態(tài)系統(tǒng)、濕地生態(tài)系統(tǒng)和野生珍稀、瀕危鳥(niǎo)類(lèi)。區(qū)內(nèi)野生動(dòng)植物種類(lèi)豐富，呈現(xiàn)物種多樣性、珍稀性及及生境的典型性等重要特征。

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大布蘇國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)吉林省乾安縣，大布蘇保護(hù)區(qū)，處在松遼平原西部沉降帶中心，嫩江與遼河之間廣大閉流區(qū)中。1993年建立自然保護(hù)區(qū)，2005年晉升為國(guó)家級(jí)。保護(hù)區(qū)總面積11000公頃。其中，核心區(qū)面積3800公頃，主要保護(hù)對(duì)象為地質(zhì)遺跡、古生物遺跡、濕地生態(tài)系統(tǒng)及珍稀鳥(niǎo)類(lèi)。